Theo VASEP, ngành thủy sản đang phải đối mặt với một bất cập lớn là cùng một mặt hàng thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường lại phải chịu hai mức thuế suất khác nhau. Cụ thể, nếu áp dụng khoản 1, điều 5 của Luật Thuế VAT, sản phẩm thuộc diện không chịu thuế. Tuy nhiên, nếu áp dụng mục d, khoản 2, điều 9, lại phải chịu thuế suất 5%. Điều này gây ra sự không nhất quán và khó khăn cho doanh nghiệp.

Đặc biệt, VASEP cho biết doanh nghiệp phải nộp thuế VAT 5% nếu mua nguyên liệu thủy sản qua nậu vựa. Tuy nhiên, các tổ chức tín dụng lại không giải ngân cho phần thuế này khi cấp vốn lưu động. Điều này trực tiếp gây áp lực về vốn, làm tăng chi phí sản xuất, giảm hiệu quả kinh doanh và ảnh hưởng đến sức cạnh tranh của sản phẩm thủy sản Việt Nam trên thị trường quốc tế. Do đó, VASEP kiến nghị Chính phủ và Bộ Tài chính xem xét đưa mặt hàng “thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” trở lại diện không phải kê khai, tính nộp thuế VAT như trước đây.
Bên cạnh vấn đề thuế suất, các doanh nghiệp còn gặp khó khăn với quy định về hoàn thuế VAT. Hiện tại, để được hoàn thuế VAT đầu vào, doanh nghiệp mua phải đảm bảo bên bán đã tuân thủ đầy đủ các quy định về thuế. VASEP chỉ ra rằng quy định này tạo ra rủi ro cho doanh nghiệp mua, vì họ không có công cụ pháp lý hoặc kỹ thuật để kiểm tra tình trạng nộp thuế của nhà cung cấp. Nếu bên bán chưa nộp hồ sơ khai thuế, còn nợ thuế hoặc chưa đến hạn nộp, hóa đơn của doanh nghiệp mua sẽ không được chấp nhận hoàn thuế, dù doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai, lưu giữ chứng từ và thanh toán qua ngân hàng. Việc bị từ chối hoàn thuế vì lý do này có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền và tiến độ sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
Để giải quyết vấn đề này, VASEP kiến nghị Chính phủ và Bộ Tài chính:
- Ban hành hướng dẫn chi tiết về cơ chế xác minh việc kê khai hóa đơn và nghĩa vụ thuế của bên bán.
- Bổ sung quy định cho phép doanh nghiệp mua được hoàn thuế nếu có đầy đủ chứng từ hợp lệ và không có dấu hiệu gian lận, bất kể tình trạng nộp thuế của bên bán.
- Bổ sung quy định cho phép trường hợp bên bán đã kê khai hóa đơn và khấu trừ thuế VAT mua vào được xem là đã nộp đầy đủ thuế VAT.
- Triển khai hệ thống xác minh tự động bằng công nghệ số để giảm kiểm tra thủ công và đẩy nhanh quá trình hoàn thuế.
Ngoài ra, VASEP còn chỉ ra thêm 5 bất cập khác liên quan đến thuế VAT, bao gồm: Thuế suất VAT đối với bột cá, mỡ cá; Khấu trừ thuế VAT đối với hàng xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử; Thuế VAT đối với hợp tác với hộ dân trong chuỗi cung ứng; Phân bổ thuế VAT đầu vào phức tạp; Bất cập trong xử phạt vi phạm hành chính đối với sai sót khi kê khai thuế.
Những kiến nghị này của VASEP tương tự với các kiến nghị của các hiệp hội ngành hàng khác như lúa gạo, cà phê, hồ tiêu. Theo Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị Việt Nam (VPSA), nguồn thu thuế VAT thực tế chỉ ước đạt 55 tỷ đồng, trong khi số thuế dự kiến được hoàn lại lên tới 2.135 tỷ đồng, cho thấy sự kém hiệu quả và lãng phí nguồn lực trong việc thực hiện chính sách.
Dẫn nguồn: thuysanvietnam.com.vn/Tuệ Lâm